La estructura organizacional de UNIAPRAVI está compuesta por la Asamblea General, el Directorio, el Comité Ejecutivo y la Oficina Central.
Asamblea General es la reunión de sus instituciones miembros y a ella corresponde la suprema decisión en todos los asuntos que competan a UNIAPRAVI. Las asambleas generales podrán ser ordinarias, una vez al año, o extraordinarias, cuando sean expresamente convocadas.
Directorio es el órgano encargado de fijar las líneas de acción, las políticas generales y los programas de UNIAPRAVI. Está integrado por el presidente, el presidente inmediato anterior, los vicepresidentes, los directores titulares y alternos de cada país y los ex presidentes que sean propuestos y elegidos por la Asamblea General Ordinaria.
Comité Ejecutivo es el órgano encargado de establecer y aprobar los programas específicos de acción y de servicios de UNIAPRAVI, supervigilar la aplicación de los programas de trabajo y adoptar las medidas que exija la buena marcha de la institución. Está integrado por el presidente, el presidente inmediato anterior, los vicepresidentes, los directores regionales y los ex presidentes que sean propuestos y elegidos de conformidad con los Estatutos. El número de directores regionales es fijado anualmente por la Asamblea General. Corresponde al presidente la representación oficial de la institución.
Oficina Central es la encargada de ejecutar los programas y las actividades de UNIAPRAVI, según los lineamientos establecidos por las instancias superiores. La autoridad máxima de la Oficina Central es el presidente, su organización y funcionamiento son fijados por el Comité Ejecutivo, y el desarrollo de sus acciones se realiza a través de las correspondientes gerencias.